最重要的鉴别诊断有原发性高血压、晚期肾盂肾炎和系统性疾病引起继发的肾小球肾炎：

       (1)慢性肾炎与原发性高血压继发性肾损害的鉴别：肾炎多发生在青壮年；而高血压继发性肾损害发生较晚。病史对鉴别诊断非常重要。是高血压在先还是尿蛋白在先，对鉴别诊断起主要作用。故在临床上发现高血压患者，应作尿检查，必要时做肾功能检查。高血压继发性肾脏损害者，尿蛋白量常较少，罕见持续性血尿和红细胞管型，肾小管功能损害一般早于肾小球。肾穿刺一般有助于鉴别。 

       (2)慢性肾炎与慢性肾盂肾炎的鉴别：慢性肾盂肾炎晚期，可有较大量蛋白尿和高血压，有时与慢性肾炎很难鉴别。慢性肾盂肾炎多见于女性患者。详细询问常有尿路感染的病史。多次尿沉渣镜检和尿细菌培养，对有活动性感染的慢性肾盂肾炎的诊断是必要的。慢性肾盂肾炎患者，肾功能的损害多以肾小管损害为主，可有高氯酸中毒，低磷性肾性骨病，而氮质血症和尿毒症较轻，且进展很慢。静脉肾盂造影和核素检查如发现有二侧肾脏损害不对称的表现，则更有助于慢性肾盂肾炎的诊断。

       (3)慢性肾炎与红斑狼疮性肾炎的诊断：狼疮肾炎的临床表现与肾脏组织学改变均与慢性肾炎相似。但红斑狼疮在女性好发，且为一系统性疾病，可伴有发热、皮疹、关节炎等多系统受损表现。血细胞下降，免疫球蛋白增加，可查到狼疮细胞，抗核抗体阳性，血清补体水平下降。肾脏组织学检查可见免疫复合物广泛沉着于肾小球的各部位。免疫荧光学检查常呈“满堂亮”表现。

       (4)其他：过敏性紫癜性肾炎、糖尿病肾小球硬化症、痛风肾、多发性骨髓瘤肾损害、肾淀粉样变等，各有其特点，在诊断慢性肾炎时，均应予以排除。